藍(lán)細(xì)菌曾一直被稱作藍(lán)藻或藍(lán)綠藻。因?yàn)樗c高等綠色植物和高等藻類一樣，含有光合色素，能進(jìn)行光合作用，所以，過(guò)去將其歸于藻類。

現(xiàn)代技術(shù)研究表明，藍(lán)細(xì)菌的細(xì)胞核無(wú)核膜，不進(jìn)行有絲分裂，沒有葉綠體，核糖體為70S，細(xì)胞壁與細(xì)菌的相似，含肽聚糖，因此，現(xiàn)在將藍(lán)細(xì)菌歸屬于原核生物。

藍(lán)細(xì)菌由于抗逆境的能力強(qiáng)，分布范圍極廣。它可在貧瘠的巖石上生長(zhǎng)，甚至能通過(guò)巖石縫隙向巖石內(nèi)生長(zhǎng)，是巖石分解和土壤形成的“先驅(qū)生物”。

在沙漠中，藍(lán)細(xì)菌常以結(jié)成片的“殼”覆蓋在土壤和巖石表面，在干旱時(shí)休眠，只有在短暫的冬季和雨季生長(zhǎng)。有的藍(lán)細(xì)菌可與真菌、苔類等共生。

藍(lán)細(xì)菌的形態(tài)極為多樣化。藍(lán)細(xì)菌細(xì)胞直徑極為懸殊，從大0.5~1μm至60 μm ，形態(tài)球狀或桿狀，單生或團(tuán)聚體。許多藍(lán)細(xì)菌產(chǎn)生大量的粘質(zhì)外膜鞘，使成群的細(xì)胞或絲狀體結(jié)合在一起。

藍(lán)細(xì)菌主要以二分裂或多分裂方式進(jìn)行繁殖。絲狀藍(lán)細(xì)菌還可通過(guò)絲狀體斷裂為片段進(jìn)行繁殖。

藍(lán)細(xì)菌在水體中大量生長(zhǎng)繁殖，會(huì)引起海灣的“赤潮”和湖泊的“水花”。有許多藍(lán)細(xì)菌能夠產(chǎn)生藻毒素，當(dāng)大量的藍(lán)細(xì)菌聚集在一起時(shí)，如果動(dòng)物飲用了這樣的水將會(huì)引起死亡。

盤狀螺旋藍(lán)細(xì)菌、最大螺旋藍(lán)細(xì)菌，因含有豐富的蛋白質(zhì)、維生素和礦物質(zhì)，目前已開發(fā)成“螺旋藻”產(chǎn)品。