改性幾丁質(zhì)生物膠幾丁質(zhì)酶的抗真菌作用，這類幾丁質(zhì)酶可以對抗侵入植物體的真菌病原體。微生物幾丁質(zhì)酶主要是由鏈霉菌屬、桿菌和大多數(shù)真菌產(chǎn)生的。細菌分泌幾丁質(zhì)酶主要用于真菌細胞壁的降解和重組，但在大多數(shù)產(chǎn)幾丁質(zhì)酶的真菌中，此酶主要用于真菌細胞壁的成型過程。

只有在一些特定的寄生霉菌中，如Trichodermaharzianum、APhanocladiumalbum和Gliocladiumvixens中，胞外幾丁質(zhì)酶和β-葡聚糖酶用來附著和降解目的菌絲。

這些抗真菌的幾丁質(zhì)酶與植物幾丁質(zhì)酶相似，多為內(nèi)幾丁質(zhì)酶。由于肽聚糖和甲殼質(zhì)的糖骨架具有相似的結(jié)構(gòu)，因此，一些幾丁質(zhì)酶也具有溶菌酶活性。